Mère de tous les fleuves

La source du fleuve Mékong, et donc sa longueur finale, est inconnue en raison de l'existence de plusieurs affluents dans un environnement d'accès difficile (terrain très accidenté). Les estimations vont de 4 350 à 4 909 km.

Selon le relevé du China Science Exploration Association, la source est Lasagongma, située à une altitude de 5 224 mètres. Elle est sur le mont Guozongmucha dans la province de Qinghai et forme le Zayaqu, reconnu par le Chinese Academy of Sciences comme la source du Mékong. Une expédition plus ancienne menée par Michel Peissel avait identifié le Zanaqu, plus à l'ouest au col Rupsa-la (4 975 m), comme source du Mékong.

Près de la moitié de la longueur totale coule en Chine, où ce tronçon du fleuve est appelé « fleuve turbulent » en raison de ses gorges et précipices. Il quitte le pays à une altitude de seulement 500m.

Le fleuve forme ensuite la frontière fluviale entre le Myanmar et le Laos sur 200 km, à la fin desquels il rejoint son affluent le Ruak au Triangle d'or. Cet endroit marque aussi la séparation des haut et bas Mékongs.

Le fleuve divise alors le Laos de la Thaïlande avant d'entamer une section coulant uniquement au Laos qui est caractérisée par des gorges, des rapides et une profondeur d'à peine un demi-mètre pendant la saison sèche. Il s'élargit au sud de Luang Prabang, où il a inondé la région jusqu'à 100 mètres de profondeur et sur un rayon de 4 km ; son cours est très variable. Le célèbre siluriforme géant du Mékong était traditionnellement pêché dans cette région une fois par an, suivant des rites établis par la famille royale.

Le fleuve redevient la frontière entre le Laos et la Thaïlande dans la section qui passe près de Vientiane (capitale du premier), et repasse ensuite seulement au Laos, où il forme la région de Si Phan Don (« quatre mille îles ») avant les chutes de Khone près de la frontière avec le Cambodge. On peut y voir des dauphins d'eau douce en danger d'extinction. Les chutes de Khone ne sont pratiquement pas navigables.

Au Cambodge, le fleuve passe par les rapides de Sambor au-dessus de Kracheh, les dernières chutes à interdire la navigation. Juste avant Phnom Penh, la capitale du Cambodge, se situe la confluence avec le Tonle Sap, son affluent le plus important dans ce pays. Après la capitale il se divise en deux, le Bassac et le Mékong lui-même ; ils finissent tous les deux dans le delta du Mékong.

Au Viêt Nam, le fleuve se divise en deux branches principales qui s'appellent le Tiền Giang (« fleuve à l'avant ») et le Hậu Giang (« fleuve à l'arrière ») ; celles-ci entrent en mer de Chine méridionale par neuf estuaires, expliquant ainsi le nom vietnamien pour le fleuve, Sông Cửu Long (« fleuve de neuf dragons »).